A baía da Babitonga, ou somente baía Babitonga, é uma baía do litoral brasileiro. Esta baía está situada na foz do rio Palmital, entre as cidades de Joinville, Itapoá e a ilha de São Francisco do Sul.
Baía Babitonga é um santuário ecológico de várias espécies de animais marinhos e pássaros. É um atrativo turístico natural com paisagem espetacular. A Baía apresenta um conjunto de 24 ilhas. Alguns passeios de barco disponíveis contornam algumas das ilhas presentes neste conjunto.
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